Die Erhaltung der genetischen Vielfalt in (kleineren) Nutztierpopulationen ist eine kontinuierliche Herausforderung. Risiken wie Inzuchtdepression und das "Popular Sire Syndrome" (wenn ein gutes männliches Zuchttier häufig eingesetzt wird) können genetische Variation schnell verringern, besonders bei kleinen oder gefährdeten Rassen, bei denen jedes Individuum zur langfristigen Überlebensfähigkeit der Population beiträgt.
FastMeanKinship ist ein Software-Tool, das entwickelt wurde, um den Abstammungskoeffizienten zu berechnen. Dieser Wert, oft als Inzuchtkoeffizient bezeichnet, ist ein Maß (0-100%) für die genetische Verwandtschaft der Eltern eines Individuums. Er gibt die Wahrscheinlichkeit an, dass ein Nachkomme zwei identische Genkopien von einem gemeinsamen Vorfahren erbt. Ein höherer Wert deutet auf engere Inzucht und ein erhöhtes Risiko für Erbkrankheiten hin.
FastMeanKinship setzt eine Anpassung des Algorithmus um, der von Colleau (Genet. Sel. Evol., 34, 2002, 409–421) beschrieben wurde. So kann der durchschnittliche Verwandtschaftsgrad vieler Individuen gleichzeitig mit einer Referenzgruppe berechnet werden, anstatt den Wert für jedes Individuum einzeln zu ermitteln. Dies reduziert die Rechenzeit erheblich und macht groß angelegte Abstammungsanalysen praktikabler.
Warum ist der Abstammungskoeffizient wichtig?
Die Identifizierung von Individuen mit niedrigem Abstammungskoeffizient ist eine weit verbreitete Strategie im Bereich der Zucht zur Erhaltung von Nutztierrassen. Diese Individuen tragen genetische Varianten, die in der Population seltener sind. Die Priorisierung solcher Tiere kann dabei helfen:
- Die genetische Vielfalt insgesamt zu erhalten
- Den Anstieg des Inzuchtkoeffizienten über Generationen zu begrenzen
- Fundierte Entscheidungen im Management von Genbanken und Zuchtprogrammen zu unterstützen
Verfügbarkeit
FastMeanKinship kann kostenlos heruntergeladen werden (für Windows und Linux), über die Website des EU Referenzzentrums für gefährdete Nutztierrassen (EU Reference Centre for Endangered Animal Breeds): https://www.eurc-eab.eu/tools/fastmeankinship