Ein wesentlicher Bestandteil des Internationalen Vertrags über pflanzengenetische Ressourcen für Ernährung und Landwirtschaft (PGRFA) ist das  multilaterale System (MLS) für Zugang und Vorteilsausgleich (Access and benefit-sharing, ABS). Das MLS erlaubt einen erleichterten Zugang zu den pflanzengenetischen Ressourcen für Forschung, Züchtung und Ausbildung für Ernährung und Landwirtschaft. Empfänger von Material aus dem MLS unterzeichnen eine standardisierte Material-Übertragungsvereinbarung (Standard Material Transfer Agreement, SMTA), die die Bedingungen zur Nutzung und zum Vorteilsausgleich vorgibt.

Das multilaterale System umfasst 64 wichtige Nahrungs- und Futterpflanzen (siehe Anhang I des Vertrags): Zum einen Pflanzenmaterial, das sich unter staatlicher Kontrolle der Vertragsstaaten befindet und öffentlich zugänglich ist (z.B. in nationalen oder regionalen Genbanken). Zum anderen solche genetischen Ressourcen, die sich in den globalen Ex-situ-Sammlungen der CGIAR Forschungszentren und anderer internationaler Institutionen befinden, die unter Artikel 15 des Internationalen Vertrags entsprechende Vereinbarungen mit dem Lenkungsorgan geschlossen haben. Andere Einrichtungen, die über solche Ressourcen verfügen, können diese ebenfalls in das MLS einbringen. Der Vertrag fordert die Staaten auf, auch private Halter dazu zu ermuntern, Material im MLS zur Verfügung zu stellen.

Benefit-Sharing Fonds

Der Fonds für den Vorteilsausgleich (BSF) des Internationalen Vertrags ist ein wesentliches Element der Finanzierungsstrategie und des Multilateralen Systems. Der BSF ist der operative Mechanismus für die Entgegennahme, Nutzung und Aufteilung der finanziellen Vorteile, die sich aus dem MLS ergeben. Bislang hat sich der Fonds hauptsächlich aus freiwilligen Beiträgen gespeist. Von den Einnahmen werden Projekte finanziert, die die Verbesserung der Lebensbedingungen von Kleinbauern in Entwicklungsländern und die Ernährungssicherheit und nachhaltige Landwirtschaft durch die Erhaltung und nachhaltige Nutzung von pflanzengenetischen Ressourcen zum Ziel haben.

• Das Material darf nur für Forschung, Züchtung und Ausbildung für Ernährung und Landwirtschaft genutzt werden
• Der Empfänger darf keine geistigen Eigentumsrechte auf die genetischen Ressourcen "in der Form, wie er sie bekommen hat", anmelden
• Nutzer genetischer Ressourcen aus dem MLS sind zu Benefit-Sharing-Zahlungen verpflichtet, wenn sie das Züchtungsprodukt nicht für weitere Forschung und Züchtung frei zur Verfügung stellen. Dies ist zum Beispiel der Fall, wenn vom Züchter auf die neue Sorte ein Patent angemeldet wird. Wird die neue Sorte hingegen gemäß Internationalem Sortenschutzübereinkommen (UPOV) geschützt, dann entsteht keine Zahlungsverpflichtung, weil die Sorte für weitere Züchtung frei zur Verfügung steht (Züchtungsprivileg). Die Züchter werden in diesem Fall gebeten, einen freiwilligen finanziellen Beitrag zu leisten.
• Alle nicht vertraulichen Informationen (z. B. Charakterisierungs- und Evaluierungsdaten), die sich aus Forschung und Entwicklung an dem Material ergeben, sollen nach Art. 6.9 des SMTA über das Globale Informationssystem des Saatgutvertrags ( Art. 17) zur Verfügung gestellt werden (Nicht-monetärer Vorteilsausgleich).
• Bei Weitergabe von Material an Dritte "in der Form, wie bekommen" (Art. 6.4) oder "in Entwicklung" (Art. 6.5), muss dies immer mit SMTA erfolgen; d.h. die weitergebende Person oder Institution schließt mit dem "Dritten" ein neues SMTA ab und meldet dies an das Sekretariat des Internationalen Vertrags