Bei wildlebenden aquatischen genetischen Ressourcen konzentrierten sich die bisherigen Erhaltungsmaßnahmen auf die Erhaltung im natürlichen Lebensraum. Darüber hinaus existieren verschiedene Elternfischhaltungen für Wiederansiedlungsprojekte im Rahmen von Artenschutzmaßnahmen, z. B. vom Baltischen und Atlantischen Stör, dem Maifisch oder dem Atlantischen Lachs. Diese Elternfischhaltungen stellen Ex-situ-Erhaltungsmaßnahmen dar und erfüllen im Prinzip die Funktion einer Lebendgenbank. In der Roten Liste des BfN der etablierten Fische und Neunaugen der marinen Gewässer sowie der Roten Liste der im Süßwasser reproduzierenden Neunaugen und Fische werden insgesamt 179 Fischarten und vier Neunaugenarten zur heimischen Fauna gezählt. Von den Fischen gelten elf Arten als ausgestorben oder verschollen und 39 Arten als bestandsgefährdet. Im Nationalen Inventar Aquatischer Genetischer Ressourcen (AGRDEU) werden derzeit 133 Fisch- und Neunaugenarten sowie 15 Weichtier- und zwölf Krebsarten geführt. In Deutschland werden ca. 15 Fischarten, eine Muschel- und eine Garnelenart in nennenswertem Umfang in Aquakultur produziert. Die in der Aquakultur als Laichfischbestände geführten aquatischen genetischen Ressourcen können nur durch eine ökonomisch tragfähige Bewirtschaftung und Nutzung – z. B. in Teichwirtschaften (also on farm) – langfristig erhalten werden.